Eksperci z BCC zwrócili uwagę na trzy podstawowe problemy. Po pierwsze, jeżeli projekt wejdzie w życie w proponowanym brzmieniu to zostanie naruszona zasada neutralności podatku VAT. Po drugie, nie posiada on szczegółowych przepisów związanych z wejściem w życie nowej, wyższej stawki podatku VAT. Po trzecie może dojść do zachwiania zasad prawidłowej legislacji.
Według twórców projektu ustawy o VAT, zmiany w nim zawarte nie spowodują skutków mających istotny wpływ na konkurencyjność gospodarki i przedsiębiorczość. Przewidziane w projekcie zmiany mają na celu usunięcie wątpliwości i doprecyzowanie obecnych regulacji w zakresie opodatkowania towarów i usług. Ponadto mają one poprawić pewność co do sytuacji prawnej przedsiębiorców.
Eksperci z BCC mają zupełnie inne zdanie na ten temat. Ich zdaniem poszkodowane będą w szczególności przedsiębiorstwa, w których dostawa towarów lub usług jest dokonywana na podstawie umów długoterminowych, w których cena została określona w kwocie brutto, uwzględniającej wartość podatku VAT. Po zmianie stawki VAT będą one zmuszone do ponoszenia kosztów jej podwyższenia.
W projekcie brak także przepisów przejściowych związanych ze zmianą stawki VAT. Przez to nasuwa się pytanie: Czy podatek VAT powinien być odprowadzony w wysokości wynikającej z faktury (wg daty wystawienia faktury), czy w wysokości wynikającej ze stawki VAT obowiązującej w chwili powstania obowiązku podatkowego? Poza tym nie wszystkie przepisy zawarte w tym projekcie są przejrzyste, a cały dokument narusza wymogi prawidłowej legislacji. I komu ma wierzyć zwykły przedsiębiorca?